ituki 
レイヤーごとに連番で画像を保存というのはよくやりますが、レイヤーを逆順して連番にすることもできます！
レイヤーを逆順にする
逆順にしたいレイヤーを選択し、レイヤー＞重ね順＞逆順
レイヤーごとに連番で画像を保存
- 1.アニメーションウインドウ＞「レイヤーからフレームを作成」で１フレーム１レイヤーになります。
※このとき１フレームにあったレイヤーから連番になります。 - 2.ファイル＞書き出し＞ビデオをレンダリングで、画像シーケンスを選択して「レンダリング」を押します。
※連番が何桁か、保存形式は何か、連番の前に付けるファイル名は何かが指定できます。
いつも使うような名前でアクション作っておいて、あとからファイル名一斉置換で変更するのもいいかもしれません。